Comparación de la microbiota fecal de conejos comerciales de carne, laboratorio, de compañía y de refugio ( Oryctolagus cuniculi )
Recibido: 3 de mayo de 2017
Aceptado: 18 de abril de 2018
Publicado: 27 de abril de 2018
Abstracto
Fondo
Los conejos son fermentadores cecotróficos, hindgut, que dependen en gran medida de su microbiota gastrointestinal para una digestión óptima de las dietas basadas en plantas. La disbiosis, causada por la interrupción de la microbiota gastrointestinal, predispone a los conejos al complejo de enteritis de conejo (REC), una causa importante de morbilidad y mortalidad. Los objetivos de este estudio fueron describir la microbiota fecal de conejos domésticos de una variedad de entornos (carne comercial, acompañante, laboratorio y refugio) e identificar cómo factores tales como la edad, la estación y el uso de antimicrobianos de rutina afectan la composición de la microbiota fecal .
Resultados
Se evaluaron un total de 86 muestras de carne comercial combinada, 54 de compañero, 14 de laboratorio y 14 muestras de heces de conejo de refugio usando la secuenciación de genes 16S rRNA de la región V4. En todos los tipos de muestra, el phylum bacteriano predominante fue Firmicutes. Otros phyla comúnmente identificados (que componen ≥ 1% de la composición total de la microbiota) fueron Verrucomicrobia, Proteobacteria y Bacteroidetes. Se observaron diferencias significativas en la composición entre muestras de conejos comerciales, de compañía, de laboratorio y de refugio para proporciones de Verrucomicrobia ( P <0.01), Proteobacteria ( P <0.01) y Lentisphaerae ( P = 0.01) dentro de la microbiota total. Dentro de las muestras comerciales de carne de conejo, existen diferencias significativas entre la composición de la microbiota de los productores ( n = 42) y does ( n = 44) se limitaron a un Firmicutes no clasificado ( P = 0.03) y no se identificaron diferencias en el nivel del phylum. Se encontraron diferencias significativas entre muestras fecales tomadas de conejos durante el verano ( n = 44) en comparación con el invierno ( n = 42), con Firmicutes ( P = 0.04), Verrucomicrobia ( P = 0.03), Proteobacteria ( P = 0.02), Deinococcus-Thermus (P = 0.04), Armatimonadates ( P = 0.003), y Actinobacteria (P = 0.03) formando proporciones significativamente diferentes de la microbiota. La única diferencia significativa en la composición entre aquellas granjas que informaron sistemáticamente el uso de antimicrobianos y las que no lo hicieron fue en un Bacteroidetes no clasificado ( P <0.05) y no se identificaron diferencias en el nivel del filo.
Conclusiones
La cría de conejos y la dieta, además de la estación, influyen significativamente en la composición de la microbiota fecal de los conejos domésticos, mientras que la edad del conejo después del destete tiene un impacto mínimo.